祭台是整座聖堂的中心。

它的設計有雙重標記性——
既是餐桌又是獻祭的地方。

讀經台是宣讀天主聖言的地方。
它的設計及材料與祭台相同，
使信眾在讀經時感到基督的臨在。

主聖堂祭台與讀經台互相呼應著，
座腳設計似一雙奉上的手，
以深色朱紅雲石為主，襯托著金色旋形圖案，
意味奉上祭獻，
顯露了莊嚴高雅，對主無限崇敬之心。　

二樓主聖堂外牆用遮陽篷和凹進窗來控制日光。
能高效率利用能量。
在聖堂設置了可開啟的窗戶和天窗，
以便在需要自然通風時，
提供對流通風及煙窗效應。

聖體櫃座落主聖堂祭台後方「多默認主」玻璃壁
畫的正下方，有一條管道連起兩者，站在聖體櫃
的位置，可仰視壁畫的背面。

聖髑銅匣上方的聖像畫，流露著聖母及多默的侍
主深情。聖髑的位置也在祭台的下方，聖髑附在
地下室一根柱上，那樁柱直通祭台底部，喻意教
會是「一脈相承」、由宗徒傳下來的。

聖多默宗徒堂另一特色
是在地窟設有小聖堂。
這裡是教友平日彌撒及祈禱的地方，
聖堂內設置了聖體櫃
和供放了聖多默宗徒的聖髑。